現在11学部7研究科2研究所と長崎大学病院を有する総合大学。1857年にオランダ人医師ポンペ・ファン・メールデルフォールトが開いた日本初の医学校「医学伝習所」を起源にしています。1949年に水産学部の母体・長崎青年師範学校水産学科を含む各種専門教育機関と統合し、新制大学として再構築されました。
西に東シナ海と黄海、南に太平洋を望むリアス式海岸、東に有明海という、3方を海に囲まれた長崎は日本を代表する水産県。この地の利を生かし、本学の水産・環境科学総合研究科は、水産および環境科学分野における技術開発に関する教育・研究を通じて社会貢献してきました。アジアの持続可能な海洋研究と水産を実現する国際共同教育プログラムを進める上で、本学は国内最高水準の教育環境であるといえます。
長崎大学は現在、252のパートナー大学・機関とMoUを締結し、177の海外大学と学生交流協定を結んでいます。最も古い大学間交流協定締結校の一つである釜慶大学校と中国海洋大学からは、過去5年間に学生交流プログラムに16人、長崎大学日本語・日本文化研修プログラムに4人の学生を受け入れています。
さらに、アジア諸国から優秀な留学生を獲得して世界レベルの充実した海洋フィールド教育を提供し、水産・海洋研究の第一線で活躍できる若手研究者を輩出。環東シナ海大学間交流ネットワークを主催して6大学合同国際シンポジウムを隔年開催しているほか、中国・韓国・ベトナムなどの大学に海外拠点・リエゾンオフィスを設置し、学生交流や共同研究を推進。さらにその他のアジア、ヨーロッパ、アフリカの国々の協定校と強固な関係を築いています。